ビジネスサーバーとして最高のサーバー環境の提供をめざしたMEGA-NETは、セキュリティ面においても大きな進歩を遂げました。MEGA-NETではサーバー管理ツール（PlanManager）とのアクセスに暗号化セキュリティーのスタンダードであるSSLを用いて接続。さらにeメール受信やFTPアクセス時にもPOP over SSL、SMTPAuth、SMTP over SSL、STARTTLS、FTP over SSL機能などを採用し、安全なサーバー接続環境を提供します。また、ウェブサイト運用時のセキュリティー機能として、すべてのプランで共用SSL、独自SSLを利用可能（一部プランではオプション提供）。お客さま自身によるセキュアなウェブサービスの提供を可能としました。そしてセキュリティー対策の上で大きな問題となるeメールを媒介としたウィルス感染や迷惑メールについても、ウィルス除去サービス、迷惑メールフィルターなどの機能を搭載、eメール環境を快適に保ちます。